2000年，在被称为“第二次冲击”的大灾害中，地球上近半数的人类失去了生命，世界各地一片狼藉外汇。15年后，人类已经重建了家园，而不明巨型生物“使徒”却又频频来袭《新世纪福音战士新剧场版序》。 14岁的少年碇真嗣应父亲之召从避难地来到第三新东京市，刚到不久，就被卷入了军队和使徒的交战之中，危急时刻，一名美女出现救了真嗣鲜花。 美女是特殊机关NERV的官员葛城美里乙肝。葛城将真嗣带到了他的父亲——NERV总司令碇元渡面前《新世纪福音战士新剧场版序》。见到久…。
